*** Предупреждение: Содержит СПОЙЛЕРЫ для эпизода 1 «Звездные войны: Бракованная партия», «Последствия». ***
Одним из ключевых моментов сюжета «Звездных войн: Бракованная партия» является отказ большей части отряда Клонов 99 подчиняться Приказу 66. В сложное для галактики время, когда на смену республике пришла недавно названная Галактическая Империя, Бракованная партия, уже самые характерные клоны республиканских вооруженных сил, еще больше обособились, бросив вызов их основным директивам и покинув Империю. С некогда героической армией солдат-клонов, которые теперь служат пешками автократического режима Императора Палпатина, Бракованная партия оказывается в бегах во все более враждебной галактике. Но как элитные клоны устояли перед имплантатами для промывания мозгов и применимы ли те же факторы к их новому участнику, Омеге?
Приказ 66 был, к сожалению, конечной целью Армии клонов. Солдаты-клоны были воспитаны для войны и верности Республике, но слишком часто они демонстрировали свободную волю, действуя вопреки своим приказам. Солдаты-клоны персонализировали свой внешний вид (включая свою броню), брали имена, выходящие за рамки кодовых обозначений, и даже игнорировали приказы, если это означало делать то, что они считали правильным. Именно по этим причинам ситхи и каминоанцы имплантировали всем клонам контрольный чип, который подавлял их свободную волю и заставлял их убивать своих генералов-джедаев при активации. Как было продемонстрировано на примере Тапа и Рекса, если чип клона удален, их альтруистические и индивидуальные личности восстанавливаются.
В эпизоде 1 Бракованной партии под названием «Последствия», отряд клонов 99 сражается вместе с основной армией клонов («regs») на Каллере, когда Приказ 66 активирован. Клоны убивают мастера-джедая Депу Биллабу и пытаются убить Калеба Дьюма (Кэнан Джаррус), но большая часть Бракованной партии не понимает, что происходит, и Хантер, лидер их отряда, позволяет молодому падавану сбежать. Вскоре после возвращения на Камино (и наблюдения резких изменений личности среди своих собратьев) Тех приходит к выводу, что мутации отряда, спроектированные каминоанцами, чтобы сделать их единоличными армиями, сделали их невосприимчивыми к их контрольным чипам. Однако это, вероятно, было непреднамеренным побочным эффектом их модификаций, и Кроссхейр, в частности, попадает под контроль его имплантата.
Хотя все солдаты-клоны выросли из шаблона Джанго Фетта, смерть мандалорского охотника за головами в начале Войн клонов сделала его ДНК все более редким товаром по мере затягивания войны. Это привело к рождению некоторых клонов с заметными непреднамеренными мутациями, некоторые из которых были более яркими, чем другие. В случае с Тапом, у него могла быть небольшая мутация, которая вызвала сбой в работе его чипа, что почти поставило под угрозу существование Приказа 66. Для Clone Force 99 их преднамеренные мутации сделали их имплантаты полностью неэффективными, за исключением одного члена отряда. Кроссхейр, модификации которого могли быть наименее обширными, был достаточно подвержен влиянию, чтобы подчиниться Приказу 66 и с энтузиазмом следовать за молодой Империей.
Техник также объясняет, почему Эхо, стандартный солдат-клон, смог устоять перед своим имплантатом. Околосмертный опыт Эхо в Цитадели и последующая кибернетическая реконструкция сделали его чип неработоспособным. Новый член команды, Омега, также оказался не только клоном Джанго Фетта, но и тайным пятым клоном, мутировавшим каминоанцы. Помимо того, что Омега является женским клоном Джанго, модификации и истинное предназначение Омеги остаются загадкой, но она невосприимчива к своему имплантату, как и остальная часть Бракованной партии. Если бы не их модификации, главные герои-клоны «Звездных войн: Бракованная партия» не только не обладали бы своим выдающимся боевым мастерством, но и подчинялись бы Приказу 66.